集團設有理事會，由集團母公司和16戶子公司法定代表人組成，理事長由長白山森工集團有限公司董事長擔任。長白山森工集團有限公司母體（含白河、汪清2戶分公司）作為集團的核心企業，受延邊州政府委托行使國有資本出資人職能，與所轄的2戶分公司、12戶全資子公司和2戶參股公司之間以產權關系為紐帶形成了法人治理機制。

14戶分子公司中，有10戶國有森工企業、1戶森林經營局、3戶林產工業加工企業。長白森工集團有限公司按《公司法》及《公司章程》，設立了由董事會、監事會、經理層構成的法人治理結構，董事長為公司的法定代表人。